В вашем случае линолеум лучше укладывать без клея, иначе будут видны все дефекты старого пола. Линолеум просто расстилается на чистой поверхности, вылёживается несколько дней до полного выравнивания и прижимается плинтусами. Обязательно нужно оставить зазор между краем линолеума и стеной примерно 1см. Если вся технология будет соблюдена, вряд ли вам следует опасаться пыли и насекомых.
Что касается окон, то действительно существуют технологии по утеплению и реставрации старых рам, но это лучше доверить специалистам. К сожалению, мы такие работы не выполняем.